Filmin Konusu
Neo, Morpheus ve isyancıların diğer liderleri kısa sürede çok sayıda insanın Matrix'ten gerçek dünyaya geçişini sağlamıştır. Matrix ise, insanların özgürce yaşadığı son şehir olan Zion'a 72 saat içinde 250.000 sentinel ile saldırmayı planlamaktadır. Neo'yu yok edip direnişçilerin en önemli silahını devreden çıkarıp bütün dünyayı kontrol altına almayı planlamaktadır. Bunun içinde Trinity'yi kaçırıp ve Neo'yu kendilerine çekmeyi planlamaktadırlar. Ayrıca Neo'nun gücüne eş güce sahip bir virüs yayınlayıp ona karşı bir rakipte yaratmışlardır. Neo ise, hem Trinity'yi kurtarmalı hem de Matrix'in tamamen yok edilmesi için tüm gücünü kullanmalıdır.