Enclave, oyunun konusu ikiye ayrılıyor denebilir. Ama iki konu da birbirleri ile çakışmaktalar. Oyunda 2 campaign var. İyiler ve kötüler. Konular ayrı olmakla birlikte, bazı yerde çakışmalar da olabiliyor. İyileri seçerseniz, kendi şehrinize, hatta dünyanıza olan istilaları durdurmak için çabalıyorsunuz. Kötüleri seçerseniz de, bu istilaları ilerletmek gibi bir amacınız oluyor. İstila durdurmak derken, ön cephede binlerce askerle savaşmıyorsunuz. Genelde geri planda, minik görevler yerine getiriyorsunuz.