Başıbozukluk ve bir dizi garip olay, New York City sokaklarını güvensiz bir yer haline getirmiştir. Şehrin Ninja Kaplumbağaların varlığına her zamankinden çok daha fazla ihtiyacı vardır ama Kaplumbağaların durumu da, şehrin düzeninden farksızdır. Raphael, Donatello ve Michelangelo kayıptır ve haklarında hiç bir haber de yoktur. Arkadaşlarını bularak şehrin düzenini sağlamak ve geçmişteki birlikteliklerini yeniden yaratabilmek, artık sadece Leonardo ve Efendi Splinterın elindedir. Uzun bir aradan sonra yeniden beyazperdede olan Ninja Kaplumbağalar, bu kez önceki filmlerin aksine tamamen animasyon teknikleri ile çekildi.